Durante el programa CADR en 2006, CQI comenzó a trabajar en El Salvador acogiendo formaciones, enseñando promoción y marketing, desarrollando un centro de formación, etc.
Durante ese periodo, el Consejo era muy fuerte y un líder central e innovador para el sector de los cafés especiales. Eran metódicos y hacían un excelente uso del programa de cuerpos de café. El Salvador fue un ejemplo de cómo ser creativo y, a pesar de los cafés de menor calidad, consiguió llevarlos al mercado de especialidades.
CQI y otras organizaciones internacionales han trabajado en El Salvador para mejorar la calidad a todos los niveles. Gran parte del trabajo inicial en El Salvador, aparte de la cata y el trabajo de campo, fue la formación de baristas, que finalmente dio lugar a que un salvadoreño se convirtiera en el campeón internacional y a que se abrieran muchas tiendas de café en el país. Después de 2008, la dirección del Consejo ha cambiado y ha habido muy pocos avances, aunque siguen participando en subastas y ferias.
Recientemente se ha trabajado con Graciano Cruz en el desarrollo de cafés naturales y con miel. El Salvador necesita mucha ayuda, pero el sector privado se ha involucrado. Como muchos países centroamericanos.
El Salvador ha surgido como productor de cafés especiales y el volumen total de café supera ampliamente el 40% de especialidades.
